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现行法律法规在建立企业法人清算程序方面存在矛盾。
企业法人终止时，清算后办理注销登记符合清算制度的目的。但是，未完成清算或者因破产未被终止的企业法人，其资产不足以清偿债务时，能否办理注销登记？当然不是，因为设立清算制度的目的是通过不同的法律程序解决企业法人存在期间产生的法律关系。
因破产而终止的，应当通过破产程序解决；因非破产而终止的，应当通过非破产程序解决。虽然适用的法律不同，但无法解决清算未完成或通过非破产程序清算的企业法人资产不足以清偿债务时产生的法律关系。当然，这不可能有终止的法律后果，更不用说撤销注册了。但是，1988年国务院发布的《企业法人登记管理条例》号文件第21条规定：“企业法人申请注销登记，应当提交法定代表人签署的注销登记申请书、主管部门或者审批机关的批准文件、债务清偿完毕证明或者负责清算债权债务的清算组织出具的文件。”这显然没有强调取消企业法人登记的条件是终止清算，而只是要求清算组织负责债权债务的清算。笔者认为，清算组织从根本上不同于负责清理债权债务的清算组织。清理债权债务并不意味着所有的债务都可以清理。这一规定相当于允许企业法人在不进行清算的情况下终止原有的法律关系，从而逃避债务和避税。因为企业法人注销登记是消除其民事权利和民事行为能力的法律要求。在终止原因发生后、注销完成前，企业仍具有独立的法人资格。与原企业法人的区别仅在于其活动范围的限制，即停止清算范围以外活动的清算法人仍然是原企业法人。
清算组织是负责清算和保管原企业法人的债权、债务和资产的临时组织。任何法律、法规不仅没有赋予其独立的民事权利能力和民事行为能力，而且其活动范围应限于清算事项，活动的后果应无条件由清算法人承担。这样一个没有独立的民事权利能力和民事行为能力，也不能独立承担民事责任的临时组织所作出的负责清理债权债务的承诺，在本质上当然没有法律意义。同时，只有清算组织承诺负责清理债权债务，才能导致企业法人注销登记，这无疑会导致企业法人丧失民事主体资格后清算的法律后果。如果清算结果是所有的债务都无法清偿，除了按照破产程序进行清算的情况外，谁来对未清偿的债权负责？原企业法人已经办理注销登记，丧失承担民事责任的民事能力，不能成为责任主体。清算组织是没有独立财产的临时性组织，不能独立承担民事责任，也没有财产承担民事责任，这使得债权人利益的保护在程序和实体上都失去了法律依据。这种困境当然不是建立企业法人清算制度的初衷。曾经有一种观点认为，债权可以按照债权的比例从清算所得的财产中支付。然而，作者认为这是一种病态
由于破产清算与非破产清算有着本质的区别，前者以企业法人的财产作为不能清偿全部债务的条件，旨在通过破产清算**大限度地公平清偿债务，并要求国家通过司法程序强制执行公平清偿。后者不仅没有不能清偿债务的条件，而且也不需要依靠国家的强制力来保证公平支付，这完全是通过清算组织本身的行为来实现的。未破产终止的企业法人清算后不能清偿全部债务，企业法人注销登记的，不仅清算组织的清算报告可信程度令人怀疑，而且面对无法清偿债务的企业法人这一矛盾主体，清算组织已经宣布丧失民事主体资格，成为一个多余的组织。然而，不可否认的是，清算报告将不可避免地导致整个社会信誉的崩溃和清算结果无法在没有任何监督和限制的情况下清偿所有债务。因此，终止清算是注销登记的必要条件。